میکروسکوپی حوزهای در نانوتکنولوژی است که در آن از میکروسکوپ برای مشاهده مواد و اجسام و یا محدودههای خاصی از نمونه که با چشم غیر مسلح دیده نمیشوند، به کار گرفته میشود.
در میکروسکوپی سه شاخه شناخته شده وجود دارد:میکروسکوپ نوری، میکروسکوپ الکترونی و میکروسکوپ پروبی روبشی.
میکروسکوپی شامل دو بخش میکروسکوپ نوری و میکروسکوپ الکترونی می باشد که خود شامل پراش، انعکاس یا انکسار اشعه الکترومغناطیسی یا پرتوهای الکترون و مجموعه ای از تابش پراکنده شده و یا سیگنال دیگری به منظور ایجاد تصویر است که با نمونه برهمکنش دارند.
میکروسکوپ ممکن است توسط تابش گسترده ای از نمونه (به عنوان مثال میکروسکوپ نوری استاندارد و میکروسکوپ الکترونی عبوری) یا با اسکن یک پرتو ریز روی نمونه (به عنوان مثال میکروسکوپ اسکن لیزری کانفوکال و میکروسکوپ الکترونی روبشی) انجام شود.